Et si votre microbiote vous empêchait de tomber enceinte ?

Le microbiote vaginal et la fertilité sont intimement liés bien plus qu’on ne le pense.
Implantation difficile, fausses couches à répétition, inflammation silencieuse…
Quand tout semble normal, c’est parfois là que le vrai problème se cache.
Voici ce que montrent les études et ce que je constate chaque semaine en consultation.

Le microbiote vaginal et la fertilité sont bien plus liés qu’on ne l’imagine.
Et pourtant, ce lien reste absent de la plupart des parcours.
Parce qu’en fertilité, ce n’est pas toujours l’ovulation, la réserve ovarienne ou les hormones qui posent problème.
C’est parfois le terrain. Invisible. Silencieux.
Et le microbiote vaginal en est l’un des piliers les plus négligés.

Des études récentes le confirment :
→ Une flore déséquilibrée peut favoriser les fausses couches,
→ ralentir l’implantation,
→ ou augmenter le risque d’échec, même avec des embryons de bonne qualité.

Mais ce que les études ne montrent pas toujours, c’est ce que cela donne en pratique.
Ce que je vois, chaque semaine, dans mon cabinet :
des femmes brillantes, suivies, stimulées… mais jamais stabilisées.
Elles ont tout fait “dans les règles” sauf qu’on n’a jamais regardé l’équilibre du microbiote vaginal.
Et pourtant, c’est là que s’écrit souvent la suite de l’histoire.

Pourquoi parle-t-on autant du microbiote vaginal aujourd’hui ?

Le sujet n’est pas nouveau.
Mais il a longtemps été ignoré, comme s’il ne concernait que l’intimité, ou les épisodes infectieux ponctuels.

Pendant des années, on s’est contenté de distinguer “bonne” et “mauvaise” flore.
On parlait de pH vaginal, de douches à éviter, de pertes “anormales”…
Et on pensait qu’en dehors d’une vaginose ou d’une mycose, il n’y avait pas grand-chose à dire.

Mais la science a changé de focale.

À partir des années 2000, l’explosion des techniques de séquençage génomique a bouleversé la donne :
→ On a découvert que chaque femme possède une signature microbienne unique,
→ Que l’équilibre bactérien est aussi influencé par le cycle, les hormones, les rapports sexuels, les antibiotiques, l’alimentation,
→ Et surtout, que ce microbiote vaginal joue un rôle central dans la santé reproductive.

Aujourd’hui, on sait que :

• Un microbiote dominé par des lactobacilles est protecteur,
• Une dysbiose augmente le risque d’infections, d’inflammations chroniques, voire de fausses couches,
• Et que certaines anomalies de l’implantation embryonnaire pourraient être expliquées par un déséquilibre bactérien non détecté.

Ce n’est plus un détail annexe.
C’est un élément structurant de la fertilité.
Et il mérite d’être considéré comme tel.

Microbiote, implantation, grossesse : quel est le vrai lien avec la fertilité ?

On commence à peine à mesurer à quel point le microbiote vaginal influence la fertilité.
Pas seulement à cause des infections visibles.
Mais à travers des mécanismes beaucoup plus subtils : pH, immunité locale, tolérance embryonnaire, inflammation basse intensité.

Et pourtant, ce lien n’est ni évoqué dans les bilans classiques, ni pris au sérieux dans la majorité des suivis.

Un microbiote en eubiose favorise l’implantation

Un microbiote vaginal équilibré (ou en “eubiose”) se caractérise par :

• une dominance de lactobacilles protecteurs,
• un pH acide stable (entre 3,8 et 4,5),
• une faible diversité bactérienne,
• une muqueuse utérine bien vascularisée et immunologiquement tolérante.

Dans ces conditions, l’endomètre devient un “terrain d’accueil” propice à l’embryon.
La fenêtre d’implantation est claire, synchronisée.
Et les signaux immunitaires favorisent la nidation.

Des outils comme le score de Nugent, la culture vaginale ciblée, ou des tests de type EMMA/ALICE permettent aujourd’hui de qualifier cet équilibre encore faut-il qu’ils soient proposés.

Une dysbiose peut bloquer la fertilité sans aucun symptôme

À l’inverse, un déséquilibre du microbiote vaginal souvent asymptomatique peut :

• déclencher une inflammation muqueuse chronique,
• perturber la communication immunitaire avec l’embryon,
• favoriser l’activation de cellules tueuses (NK),
• ou retarder / empêcher l’implantation.

Certaines études associent également les dysbioses sévères à un risque accru :

• d’échec d’implantation sous FIV,
• de fausse couche précoce,
• voire de naissance prématurée.

Le lien avec certaines infections chroniques (HPV, Chlamydia, IST) est aussi documenté.
Même sans symptôme clinique, une flore dégradée peut modifier en profondeur la qualité du “terrain utérin”.

Et dans ce cas-là, aucun complément, aucune stimulation, aucun transfert ne peut compenser cette faille.

Symptômes invisibles, diagnostics flous : et si c’était le microbiote vaginal ?

Éléanore ovule.
Ses cycles sont réguliers.
Ses bilans hormonaux sont “bons”.
Et pourtant, rien ne tient. Deux tentatives. Deux embryons classés A. Deux échecs. Sans explication.

Chaque fois, le même scénario : tout se passe bien jusqu’au transfert… puis plus rien.
Pas de douleurs, pas de symptômes francs, juste cette impression persistante d’un corps qui bloque quelque chose sans qu’on sache quoi.

Et si c’était le microbiote vaginal ?
Pas une infection déclarée. Pas une mycose oubliée.
Mais un déséquilibre discret, chronique, qui désorganise l’immunité locale et rend la muqueuse utérine moins accueillante.
Assez pour empêcher l’embryon de s’implanter. Ou le faire décrocher trop tôt.

Avec Éléanor, on a repris depuis le début.
Pas en ajoutant des compléments.
En lisant les signaux que personne n’avait connectés entre eux :
→ un pH légèrement trop élevé,
→ une absence de dominance lactobacillaire,
→ un spotting récurrent qu’aucun gynécologue n’avait considéré comme un indicateur.

Ce n’était pas spectaculaire. Mais suffisamment clair, une fois mis en lien, pour comprendre pourquoi rien ne tenait.

Ce type de dysbiose vaginale n’est pas toujours détecté, surtout quand il n’y a pas de symptômes visibles.
Mais il peut suffire à créer un climat inflammatoire silencieux.
Et dans ce cas, la question n’est plus : “Pourquoi ça ne prend pas ?”
La vraie question devient : “Comment ça aurait pu prendre dans ce contexte ?”

La dysbiose vaginale n’a pas toujours de symptômes.
Mais elle peut induire une inflammation silencieuse, une désorganisation immunitaire locale, et une muqueuse qui “semble prête”… mais ne l’est jamais vraiment.

“Je ne pensais pas que ce terrain-là pouvait tout changer.
Et pourtant, c’est la seule chose qu’on a vraiment fait différemment.”

Ce sont ses mots, trois mois plus tard.
Juste avant qu’elle m’annonce une grossesse naturelle, sur un cycle sans traitement.

Endométrite ≠ Endométriose : ne pas tout confondre

À ce stade, il est important de distinguer deux notions souvent mal comprises.

• L’endométriose est une pathologie structurelle : du tissu endométrial se développe hors de l’utérus (ovaires, péritoine, intestin…). Elle peut provoquer douleurs, adhérences, et altérer la fertilité.
• L’endométrite chronique, elle, est une inflammation de la muqueuse utérine elle-même, souvent liée à un déséquilibre bactérien (infection basse ascendante, flore appauvrie, immunité altérée).
  Elle est silencieuse, souvent ignorée, mais peut bloquer l’implantation ou provoquer des fausses couches précoces.

Je vous ai détaillé tout cela dans cet article :
→ Peut-on tomber enceinte avec une endométrite chronique ?

Peut-on restaurer un microbiote vaginal sain (et améliorer la fertilité) ?

La question se pose de plus en plus tôt dans les parcours de fertilité.
Pas uniquement parce qu’on parle davantage du microbiote vaginal…
Mais parce que certaines femmes font tout “comme il faut”, sans que rien ne s’accroche.

Et quand la qualité embryonnaire est bonne, l’ovulation correcte, les cycles réguliers…
→ Le terrain vaginal devient une hypothèse qu’on ne peut plus balayer d’un revers de main.

Ce que dit la recherche

Le microbiote vaginal joue un rôle central dans la santé reproductive féminine.
Et c’est l’un des rares terrains qu’on peut aujourd’hui analyser, comprendre et rééquilibrer si on sait quoi chercher.
Un microbiote en équilibre, dominé par Lactobacillus crispatus ou gasseri, crée un environnement acide, protecteur, avec un pH bas, défavorable aux pathogènes.
Cet équilibre est soutenu par :

→ des œstrogènes en quantité suffisante,
→ une muqueuse riche en glycogène,
→ et un système immunitaire local ni trop actif, ni trop faible.

Quand cet équilibre est rompu (dysbiose), même sans symptômes apparents, on observe :

• une altération de la réceptivité endométriale,
• un risque accru d’infections sexuellement transmissibles (comme le HPV),
• et un taux plus élevé de fausses couches précoces ou d’accouchements prématurés.

Les données sont de plus en plus solides : un microbiote vaginal déséquilibré peut bloquer une grossesse, même en FIV, même en l’absence de signes cliniques.

Ce que je vois sur le terrain

Sur le terrain, le microbiote vaginal est rarement abordé en début de parcours.
Et quand il l’est, c’est souvent à travers une simple “cure de probiotiques”, sans cadre, sans évaluation, sans stratégie.
Dans les faits, les femmes que j’accompagne n’ont pas besoin d’un “protocole en plus”.
Elles ont besoin qu’on structure leur démarche, qu’on interprète les signaux faibles, et qu’on restaure un écosystème reproductif fonctionnel.

Dans l’accompagnement Fertilinat, ce travail de fond fait partie intégrante du système :

• Lecture des marqueurs oubliés : pH, pertes, récurrences virales ou urinaires
• Évaluation et recadrage de l’hygiène intime (trop souvent problématique)
• Soutien ciblé du microbiote digestif, du foie et de l’immunité utérine
• Utilisation de probiotiques spécifiques, au bon moment du cycle
• Stratégie alimentaire et lipidique cohérente, pas juste “anti-inflammatoire”

Dans de nombreux cas, c’est ce terrain précis qui permet à une implantation de tenir.

Critère observé	Équilibre du microbiote vaginal	Dysbiose vaginale
pH vaginal	Acide (3,5 à 4,5)	Neutre à basique (> 4,5)
Présence de lactobacilles	Dominants, protecteurs	Faibles, remplacés par germes anaérobies
Score de Nugent	0 à 3	≥ 7
Symptômes visibles	Souvent absents	Spotting, pertes, inconfort (pas systématiques)
Impact sur la fertilité	Implantation facilitée	Échec de nidation / fausses couches précoces

Ce qu’on mesure trop rarement

Ce tableau, je ne l’ai pas sorti d’un manuel.
C’est une synthèse clinique des décalages que je retrouve chaque semaine, dans des situations où tout semble cadré sauf le résultat.

On a vérifié l’ovulation.
Optimisé l’alimentation.
Corrigé les carences.

Et pourtant, rien ne s’accroche.

Dans ces cas-là, le lien entre microbiote vaginal et fertilité devient une hypothèse clé.
Pas une lubie. Pas une piste marginale.
Mais un facteur déterminant, souvent ignoré parce qu’il ne crie pas, ne saigne pas, ne se voit pas à l’échographie.

Et c’est précisément ce que je travaille dans l’accompagnement Fertilinat :
identifier ces fragilités silencieuses, structurer un plan cohérent, et restaurer un équilibre du microbiote vaginal compatible avec une implantation durable.

Et si c’était ce qu’il vous manquait depuis le début ?

Pour celles qui ovulent sans tomber enceinte, une flore intime déséquilibrée peut être une explication ignorée.
→ Vous ovulez mais vous n’êtes pas enceinte : causes et solutions

Le lien entre infection chronique (cystites, inflammation vaginale, etc.) et fertilité mérite d’être reconsidéré :
→ Cystites à répétition : la Naturopathie pour en sortir

Même chose pour les femmes touchées par des pathologies gynécologiques comme l’adénomyose, souvent associées à des dysbioses locales :
→ Adénomyose : traitements qui soulagent et préservent

À retenir avant d’ajouter un “protocole microbiote” de plus

Un bon protocole, c’est d’abord un bon point de départ.
→ Pas de stratégie efficace sans un diagnostic précis du terrain vaginal.
→ Une flore “déséquilibrée” n’est pas un concept flou, c’est un état mesurable.

Tous les probiotiques ne conviennent pas à toutes les femmes.
→ Avant de supplémenter, il faut savoir ce qu’on veut corriger.
→ Certaines formules peuvent même entretenir la dysbiose au lieu de la réparer.

La fertilité n’est pas une course à l’empilement de solutions.
→ Ce n’est pas “plus de compléments” qui change les cycles,
→ C’est une cohérence d’ensemble, entre immunité, muqueuse, flore, stress et hormonal.

Le bon levier n’est pas forcément le plus visible.
→ L’endomètre peut sembler parfait à l’écho.
→ Mais s’il n’est pas réceptif au niveau cellulaire… rien ne s’ancrera.

FAQ courte : microbiote, dysbiose, fertilité,
ce qu’on ne vous dit pas

Derrière chaque “tout est normal”, il y a parfois un déséquilibre non exploré.
Voici les questions qui reviennent le plus souvent chez les femmes que j’accompagne — et ce que la science (et le terrain) répond concrètement.

Quel est le rôle du microbiote dans l’infertilité ?

Le microbiote vaginal joue un rôle déterminant dans la santé reproductive.
Quand il est équilibré (dominé par les lactobacilles), il protège la muqueuse, stabilise l’immunité locale, maintient un pH acide, et favorise une implantation de qualité.
À l’inverse, une dysbiose peut créer un terrain inflammatoire silencieux, perturber la réceptivité de l’endomètre, ou laisser place à des infections sous-cliniques.
→ Et dans ces cas-là, le problème ne vient pas forcément de l’ovulation, ni des embryons.

Comment savoir si j’ai une dysbiose vaginale ?

Les signes visibles sont souvent absents.
Pas de démangeaisons, pas d’odeurs fortes, pas de pertes suspectes.
Mais certains indicateurs doivent alerter :
→ spotting post-ovulatoire,
→ pH vaginal élevé,
→ cycles “propres” mais non féconds,
→ échographies normales… et pourtant rien ne tient.
Pour en avoir le cœur net, on peut s’appuyer sur des outils comme le score de Nugent, les cultures vaginales ciblées, ou des tests type EMMA / ALICE.

Quels probiotiques pour la fertilité ?

Aucun probiotique ne fonctionne “par défaut”.
Certaines souches sont contre-indiquées en cas d’inflammation chronique ou de dominance bactérienne inadaptée.
Les souches les plus documentées pour la sphère vaginale :
→ Lactobacillus crispatus,
→ Lactobacillus gasseri,
→ Lactobacillus rhamnosus GR-1.
Mais même avec ça, le moment du cycle, la voie d’administration et l’environnement hormonal comptent.
→ On ne restaure pas un microbiote en un tube et deux gélules.

Peut-on tomber enceinte malgré une flore déséquilibrée ?

Parfois, oui. Mais pas toujours durablement.
Une flore déséquilibrée peut empêcher l’implantation, ou provoquer une fausse couche précoce.
→ On croit que “ça n’a juste pas pris”, alors que le terrain n’était pas compatible.
Identifier la cause ne garantit pas une grossesse immédiate, mais évite de perdre des mois à chercher au mauvais endroit.

Microbiote intestinal ou vaginal : lequel prioriser ?

Les deux interagissent, mais dans une logique de fertilité immédiate, on priorise souvent le vaginal.
→ C’est lui qui conditionne directement l’immunité utérine, le pH, et la réceptivité endométriale.
Le microbiote intestinal reste un pilier de fond (immunité, inflammation, assimilation), mais dans les blocages d’implantation, c’est le terrain vaginal qui fait souvent la différence.

Faut-il tester son microbiote avant une FIV ?

Ce n’est pas systématique… mais c’est souvent ce qui manque.
Le taux d’implantation baisse significativement en cas de flore déséquilibrée.
Et pourtant, très peu de protocoles incluent une analyse du microbiote en amont.
→ Dans l’accompagnement Fertilinat, ce terrain fait partie des hypothèses qu’on vérifie d’emblée pas après 3 tentatives.

Sophie Rodriguez, Naturopathe experte en fertilité et endocrinologie à Lyon.

Depuis plus de 5 ans, j’accompagne des femmes brillantes, lucides et souvent en errance médicale à restaurer leur fertilité naturellement.
Spécialisée en terrain hormonal, microbiote et implantation, je travaille à la frontière du diagnostic oublié et de la stratégie sur-mesure.
→ Plus de 650 accompagnements déjà menés, toujours avec la même exigence : poser les bonnes hypothèses, et ne rien laisser au hasard.

Références scientifiques

1. Gajer P. et al. Temporal dynamics of the human vaginal microbiota.
   Sci Transl Med, 2012
2. Kyrgiou M. et al. Association Between Maternal HPV Infection and Adverse Pregnancy Outcomes.
   JAMA Netw Open, 202
3. Ravel J. et al. – Vaginal microbiome of reproductive-age women.
   https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1002611107
4. Gajer P. et al. – Temporal dynamics of the human vaginal microbiota.
   https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22553250/
5. Frontiers in Medicine – The role of the vaginal microbiome in reproductive health.
   https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2018.00181/full